Los Órganos de Montoro se localizan en los términos municipales de Ejulve y Villarluengo. Ambos municipios pertenecen a la provincia de Teruel pero a distintas comarcas, la de El Maestrazgo y la de Andorra-Sierra de Arcos respectivamente.
Este espacio natural se localiza en el sector oriental del Sistema Ibérico turolense, en el que confluyen además otras figuras de protección ambiental: ZEPA “Río Guadalope – Maestrazgo” y LIC “Muelas y Estrechos del río Guadalope”. Los Órganos de Montoro son una gran formación caliza de estratos subverticales de edad cretácica, que pertenece al Maestrazgo turolense. El fuerte buzamiento de la formación es consecuencia de la intensa estructuración geológica del sector.
El tipo de vegetación dominante es típica de las zonas de montaña media mediterránea con predominio de carrascas y de matorrales esclerófilos entre los que destaca, por su presencia, la sabina negra. En las paredes de roca de los Órganos de Montoro, la representación de superficie vegetal es limitada, restringida a grietas y fisuras, pero de alto valor ecológico por su carácter endémico.
En el ámbito del Monumento Natural se pueden encontrar alguno de los ejemplares de flora catalogada aragonesa como rabos de gato, hierbas de Santa Rosa, tomillares de Thymus godayanu y acebo.
La fauna de los Órganos de Montoro resulta variada e interesante. Destacan las aves rupícolas con predominio del buitre leonado en el aire y la cabra pirenaica sobre el suelo, especies bien adaptadas al clima continental-montañoso, con veranos suaves e inviernos muy fríos.